Vào tháng 1 năm 2006, Lực lượng Hỗ trợ An ninh Quốc tế (ISAF) đã được triển khai đến Afghanistan để hỗ trợ quân đội Hoa Kỳ và Anh trong cuộc chiến chống lại tổ chức bán quân sự Hồi giáo Taliban. Chính phủ Mỹ cáo buộc Taliban chứa chấp kẻ đứng đầu tổ chức khủng bố al-Qaeda, Osama bin Laden và yêu cầu dẫn độ hắn. Giới lãnh đạo Taliban từ chối thực hiện yêu cầu này, nói rằng Hoa Kỳ không cung cấp bằng chứng về tội lỗi của Osama trong vụ tấn công 11/9/2001.
Vào cuối năm 2001, cơ cấu quân sự của Taliban trên thực tế đã bị phá hủy, và sự phản kháng của những người ủng hộ nó đã trở thành một phong trào du kích. Các nước phương Tây đã đầu tư rất nhiều vào sự phát triển của nền dân chủ và cấu trúc xã hội của Afghanistan. Năm 2004, cuộc bầu cử tổng thống đầu tiên của đất nước đã thuộc về Hamid Karzai, một chính trị gia đủ trung thành với phương Tây. Tuy nhiên, sự phản kháng của những người ủng hộ Taliban đã không thể bị dập tắt. Quân du kích chiến đấu ác liệt bất chấp ưu thế quân sự vượt trội của ISAF.
Pháp, giống như các thành viên khác của liên minh, bị tổn thất về thiết bị và nhân lực. Trong 10 năm của cuộc chiến ở Afghanistan, 83 binh sĩ đã thiệt mạng và gấp nhiều lần bị thương. Quyết định để Pháp tham gia chiến dịch quân sự không được dân chúng ủng hộ lắm, và các báo cáo về thương vong của binh lính Pháp đã làm gia tăng sự bất bình đối với chính phủ.
Vào ngày 20 tháng 1 năm 2012, tại tỉnh Kapisa, một người đàn ông mặc quân phục Afghanistan đã bắn 4 người và làm bị thương 16 lính Pháp. Sau đó, Nicolas Sarkozy (Tổng thống Pháp từ 2007 đến 2012) cho biết do chính phủ Afghanistan không thể đảm bảo an toàn cho quân đội Pháp nên Pháp đang tạm ngừng hiện diện quân sự tại quốc gia đó. Sarkozy hứa sẽ rút quân khỏi Afghanistan vào đầu năm 2014.
Năm 2012, François Hollande được bầu làm Tổng thống Pháp, người đã công bố một kế hoạch mới để rút khỏi Afghanistan. 2.000 quân nhân sẽ bị rút lui vào cuối năm 2012, 1.400 người vẫn là người hướng dẫn và canh gác các cơ sở xã hội. Tổng thống giải thích quyết định của mình bởi thực tế là mối nguy hiểm từ những kẻ khủng bố đã giảm bớt, nền dân chủ phát triển mạnh mẽ hơn và đất nước phải phát triển độc lập. Người đứng đầu nước cộng hòa hứa rằng Pháp sẽ tiếp tục hỗ trợ Afghanistan, nhưng dưới một hình thức khác.
